{ "abstract": "Introdução: O sequenciamento de nova geração (NGS) ultraprofundo possibilita a detecção de variantes somáticas de baixa frequência alélica, potencialmente não identificadas por abordagens de menor profundidade, ampliando a sensibilidade da caracterização molecular e o monitoramento da evolução clonal em neoplasia mielodisplásica (SMD). Objetivos: Comparar o desempenho do sequenciamento ultraprofundo de um painel de genes relacionados a neoplasias mieloides em sangue periférico (SP) e medula óssea (MO) com a do sequenciamento do exoma completo (WES) em MO para detecção de variantes somáticas e caracterização molecular de pacientes com SMD. Metodologia: Foram incluídos 11 pacientes com SMD, idade mediana de 76 anos (62–86), 3 mulheres e 8 homens; classificação IPSS-R muito baixo: 8%, baixo: 27%, intermediário: 9%, alto: 27% e muito alto: 18%. Amostras pareadas de SP e MO foram submetidas à extração de DNA e analisadas por painel customizado (IDT) de 50 genes relacionados às neoplasias mieloides. Amostras pareadas de MO e fibroblastos foram submetidas ao sequenciamento de exoma completo (WES). As bibliotecas foram sequenciadas na plataforma NovaSeq X Plus (Illumina) com cobertura-alvo de 10.000× e cobertura média com UMI de 1.928×. Foram consideradas variantes somáticas com frequência alélica variante (VAF) ≥2% após correção por UMI. O WES foi realizado na mesma plataforma com cobertura-alvo de 500× e cobertura média de 536,3×. Foram consideradas variantes somáticas com VAF ≥2%. As análises bioinformáticas foram conduzidas no BaseSpace. As variantes foram classificadas conforme as recomendações ClinGen/CGC/VICC (PMID: 35101336), sendo incluídas apenas variantes classificadas como provavelmente oncogênicas ou oncogênicas. Resultados: O NGS ultraprofundo utilizando um painel de genes mieloides permitiu a identificação de 14 variantes somáticas nos 11 pacientes (100%). Foram detectadas variantes em TP53 (29%), SF3B1 (14%), SRSF2 (14%), TET2 (14%) e ZRSR2 (7%), IDH2 (7%), RUNX1 (7%) e U2AF1 (7%). A análise pareada entre SP e MO mostrou elevada concordância, com 12/14 (85%) variantes compartilhadas. O WES na MO detectou 6/14 (43%) variantes observadas no painel ultraprofundo, sendo que 8/14 (57%) variantes foram detectadas exclusivamente no painel. O sequenciamento do painel direcionado alcançou cobertura média em torno de 4 vezes superior à do WES, detectando variantes com VAF de 2% a 46%. O WES detectou variantes com VAF entre 5% e 43%. Em três pacientes com seguimento pós-tratamento, observou-se remodelamento clonal. O WES em fibroblastos não identificou variantes germinativas associadas à predisposição para SMD. Conclusões: A menor detecção de variantes pelo exoma não dependeu exclusivamente do VAF, mas também de outros fatores como baixa eficiência de captura e de características intrínsecas de determinadas regiões genômicas, como alto conteúdo GC e baixa mapeabilidade de algumas regiões, fatores que reduzem a sensibilidade do WES, reforçando o melhor desempenho do painel para detecção de variantes somáticas. A elevada concordância entre SP e MO reforça o potencial do SP como complementar para a avaliação molecular por painel ultraprofundo. A validação e o conhecimento das limitações das diferentes metodologias de sequenciamento em larga escala são fundamentais para garantir a caracterização molecular adequada, a estratificação de risco e a tomada de decisão clínica em pacientes com SMD.", "abstract_shown": true, "affiliations": [ "Universidade de São Paulo (USP), Ribeirão Preto, SP, Brasil", "Hemocentro, Ribeirão Preto, SP, Brasil", "Centro de Medicina Genômica, Ribeirão Preto, SP, Brasil", "University Medical Center Groningen, Ribeirão Preto, SP, Brasil" ], "article_type": null, "arxiv": null, "author_total": 13, "authors": [ { "affs": [ 0 ], "name": "Artur Bernardo Ribeiro BELLOMI" }, { "affs": [ 0 ], "name": "Matheus Nascimento CARVALHO" }, { "affs": [ 0 ], "name": "Francine CHENOU" }, { "affs": [ 0 ], "name": "Manuela Albuquerque MELO" }, { "affs": [ 0 ], "name": "João Henrique NOGUEIRA" }, { "affs": [ 1 ], "name": "Fernanda Borges SILVA" }, { "affs": [ 0 ], "name": "Leonardo Carvalho PALMA" }, { "affs": [ 1 ], "name": "Anemari Ramos Dinarte BACCARIN" }, { "affs": [ 1 ], "name": "Fernanda Borchers COELI-LACCHINI" }, { "affs": [ 0 ], "name": "Leandro Machado COLLI" }, { "affs": [ 2 ], "name": "Patricia Cássia RUY" }, { "affs": [ 3 ], "name": "Diego Antonio PEREIRA-MARTINS" }, { "affs": [ 0 ], "name": "Fabíola TRAINA" } ], "bibtex": "https://research.draconitic.com/paper/2zk97n2jfy7ha.bib", "cited_by": 0, "doi": "10.1016/j.htct.2026.107952", "fulltext_url": "http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2531137926016998", "id": "2zk97n2jfy7ha", "issns": [ "2531-1379", "2531-1387" ], "landing_url": "https://doi.org/10.1016/j.htct.2026.107952", "language": "en", "licence": "CC-BY", "licence_label": "CC BY", "licence_source": "journal", "licence_url": "https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/", "metadata_licence": null, "native_subjects": [ [ "lcc", "RC633-647.5" ], [ "openalex", "2720|Acute Myeloid Leukemia Research" ] ], "openalex": "W7223101451", "pdf_url": null, "pmcid": null, "pmid": null, "published": "2026-10-23", "publisher": "Elsevier", "ris": "https://research.draconitic.com/paper/2zk97n2jfy7ha.ris", "sources": [ { "first_seen": "2026-10-30T13:43:35Z", "native_id": "979b2d1be4c84a9daf95bde01dc7de83", "source": "doaj", "url": "https://doi.org/10.1016/j.htct.2026.107952" } ], "subjects": [ { "field": "medicine", "origin": "lcc:RC633-647.5", "subfield": "endocrinology-metabolism" } ], "title": "DESEMPENHO DO SEQUENCIAMENTO DE PAINEL MIELOIDE E DE EXOMA NA DETECÇÃO DE VARIANTES SOMÁTICAS EM PACIENTES COM NEOPLASIA MIELODISPLÁSICA", "title_text": "DESEMPENHO DO SEQUENCIAMENTO DE PAINEL MIELOIDE E DE EXOMA NA DETECÇÃO DE VARIANTES SOMÁTICAS EM PACIENTES COM NEOPLASIA MIELODISPLÁSICA", "type": "peer-reviewed", "updated_at": "2026-10-30T13:43:35Z", "url": "https://research.draconitic.com/paper/2zk97n2jfy7ha", "venue": "Hematology, Transfusion and Cell Therapy", "versions": [] }