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Peer-reviewedCC BYHematology, Transfusion and Cell Therapy

INVESTIGAÇÃO GENÔMICA DE VARIANTES GERMINATIVAS NUMA COORTE DE PACIENTES BRASILEIROS ADULTOS COM NEOPLASIA MIELOIDE

  1. 1Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP), Campinas, SP, Brasil

Abstract

Introdução: A predisposição germinativa às neoplasias mieloides (NM) compreende amplo espectro de síndromes de predisposição hereditária, cuja identificação é desafiadora em razão da heterogeneidade fenotípica e da complexidade da interpretação clínico-genômica. Objetivos: Avaliar a presença de variante germinativas em uma coorte de pacientes adultos brasileiros com neoplasia mieloide. Métodos: Selecionamos retrospectivamente pacientes classificados segundo à 5ª edição da WHO e com suspeita de predisposição germinativa e NM que foram submetidos a sequenciamento direcionado utilizando um painel customizado da Agilent (87 genes, Agilent Technologies, Santa Clara, CA, USA) na plataforma Illumina HiSeq (San Diego, CA, USA) e/ou sequenciamento do exoma completo utilizando o kit Twist Exome V2 (Twist Bioscience, South San Francisco, CA, USA) na plataforma Illumina NovaSeq. Os dados brutos de sequenciamento foram processados por pipeline de bioinformática interno, incluindo BWA-MEM, GATK HaplotypeCaller, ANNOVAR, InterVar, Franklin e OpenCRAVAT. As análises estatísticas foram realizadas com o software R (v4.5.1). A coorte foi enriquecida por critérios clínicos sugestivos de predisposição hereditária, incluindo idade jovem ao diagnóstico, parentes de primeiro grau com neoplasias e apresentação clínica atípica. Variantes germinativas candidatas foram definidas como aquelas localizadas em genes conhecidamente associados à predisposição a NM, com frequência alélica da variante (VAF) superior a 40% e classificadas de acordo com as diretrizes do ACMG/AMP como patogênicas (P), provavelmente patogênicas (LP) ou variantes de significado incerto (VUS). Resultados: Dentre os 90 pacientes com NM submetidos à avaliação genômica, 16 (17,8%) apresentaram pelo menos uma variante germinativa candidata. Destes, 10 foram identificados pelo painel mieloide e seis pelo sequenciamento do exoma completo. Entre os 16 pacientes com variantes candidatas, 10 apresentavam síndrome mielodisplásica (SMD), cinco leucemia mieloide aguda (LMA) e um neoplasia mieloproliferativa (NMP). A mediana de idade ao diagnóstico foi de 49 anos (P25–P75: 33–58), inferior à observada nos pacientes sem variantes candidatas, cuja mediana foi de 63 anos (P25–P75: 43–71). O DNA analisado foi obtido tanto de medula óssea (n=10) quanto de sangue periférico (n=6). Foram identificadas 21 variantes candidatas, correspondendo a 16 variantes missense, três variantes frameshift e duas variantes de sítio de splicing, distribuídas nos genes SBDS (n=3), TP53 (n=3), FANCA (n=2), RUNX1 (n=2), ETV6 (n=2), GATA2 (n=2), FANCD2, FANCM, BRCA2, RPS24, TERT, CEBPA e ANKRD26 (n=1 cada). A mediana da VAF foi de 49,2% (P25–P75: 46,2–51,1%) e a mediana do número de mutações por paciente foi três (P25–P75: 2–4). Quanto aos achados citogenéticos, oito pacientes apresentaram cariótipo normal, três trissomias isoladas, três cariótipo complexo, um deleção isolada e um inversão isolada. Parentes de primeiro grau com neoplasia foram documentados em seis dos 14 pacientes com informações disponíveis nos prontuários. Das 21 variantes, 13 eram VUS e oito eram P/LP. Nenhuma variante candidata foi identificada no gene DDX41. conclusões: A investigação de pacientes com suspeita clínica de predisposição hereditária permitiu identificar elevada frequência de variantes candidatas de origem germinativa, justificando a integração de avaliação clínica e genômica, inclusive para seleção segura de doadores de transplante alogênico de medula óssea.

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SN  - 2531-1379
SN  - 2531-1387
ER  -