DESEMPENHO DO SEQUENCIAMENTO DE PAINEL MIELOIDE E DE EXOMA NA DETECÇÃO DE VARIANTES SOMÁTICAS EM PACIENTES COM NEOPLASIA MIELODISPLÁSICA

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  author = {Artur Bernardo Ribeiro BELLOMI and Matheus Nascimento CARVALHO and Francine CHENOU and Manuela Albuquerque MELO and João Henrique NOGUEIRA and Fernanda Borges SILVA and Leonardo Carvalho PALMA and Anemari Ramos Dinarte BACCARIN and Fernanda Borchers COELI-LACCHINI and Leandro Machado COLLI and Patricia Cássia RUY and Diego Antonio PEREIRA-MARTINS and Fabíola TRAINA},
  journal = {Hematology, Transfusion and Cell Therapy},
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TY  - JOUR
TI  - DESEMPENHO DO SEQUENCIAMENTO DE PAINEL MIELOIDE E DE EXOMA NA DETECÇÃO DE VARIANTES SOMÁTICAS EM PACIENTES COM NEOPLASIA MIELODISPLÁSICA
AU  - Artur Bernardo Ribeiro BELLOMI
AU  - Matheus Nascimento CARVALHO
AU  - Francine CHENOU
AU  - Manuela Albuquerque MELO
AU  - João Henrique NOGUEIRA
AU  - Fernanda Borges SILVA
AU  - Leonardo Carvalho PALMA
AU  - Anemari Ramos Dinarte BACCARIN
AU  - Fernanda Borchers COELI-LACCHINI
AU  - Leandro Machado COLLI
AU  - Patricia Cássia RUY
AU  - Diego Antonio PEREIRA-MARTINS
AU  - Fabíola TRAINA
PY  - 2026
DA  - 2026/10/23
JO  - Hematology, Transfusion and Cell Therapy
DO  - 10.1016/j.htct.2026.107952
UR  - https://doi.org/10.1016/j.htct.2026.107952
AB  - Introdução: O sequenciamento de nova geração (NGS) ultraprofundo possibilita a detecção de variantes somáticas de baixa frequência alélica, potencialmente não identificadas por abordagens de menor profundidade, ampliando a sensibilidade da caracterização molecular e o monitoramento da evolução clonal em neoplasia mielodisplásica (SMD). Objetivos: Comparar o desempenho do sequenciamento ultraprofundo de um painel de genes relacionados a neoplasias mieloides em sangue periférico (SP) e medula óssea (MO) com a do sequenciamento do exoma completo (WES) em MO para detecção de variantes somáticas e caracterização molecular de pacientes com SMD. Metodologia: Foram incluídos 11 pacientes com SMD, idade mediana de 76 anos (62–86), 3 mulheres e 8 homens; classificação IPSS-R muito baixo: 8%, baixo: 27%, intermediário: 9%, alto: 27% e muito alto: 18%. Amostras pareadas de SP e MO foram submetidas à extração de DNA e analisadas por painel customizado (IDT) de 50 genes relacionados às neoplasias mieloides. Amostras pareadas de MO e fibroblastos foram submetidas ao sequenciamento de exoma completo (WES). As bibliotecas foram sequenciadas na plataforma NovaSeq X Plus (Illumina) com cobertura-alvo de 10.000× e cobertura média com UMI de 1.928×. Foram consideradas variantes somáticas com frequência alélica variante (VAF) ≥2% após correção por UMI. O WES foi realizado na mesma plataforma com cobertura-alvo de 500× e cobertura média de 536,3×. Foram consideradas variantes somáticas com VAF ≥2%. As análises bioinformáticas foram conduzidas no BaseSpace. As variantes foram classificadas conforme as recomendações ClinGen/CGC/VICC (PMID: 35101336), sendo incluídas apenas variantes classificadas como provavelmente oncogênicas ou oncogênicas. Resultados: O NGS ultraprofundo utilizando um painel de genes mieloides permitiu a identificação de 14 variantes somáticas nos 11 pacientes (100%). Foram detectadas variantes em TP53 (29%), SF3B1 (14%), SRSF2 (14%), TET2 (14%) e ZRSR2 (7%), IDH2 (7%), RUNX1 (7%) e U2AF1 (7%). A análise pareada entre SP e MO mostrou elevada concordância, com 12/14 (85%) variantes compartilhadas. O WES na MO detectou 6/14 (43%) variantes observadas no painel ultraprofundo, sendo que 8/14 (57%) variantes foram detectadas exclusivamente no painel. O sequenciamento do painel direcionado alcançou cobertura média em torno de 4 vezes superior à do WES, detectando variantes com VAF de 2% a 46%. O WES detectou variantes com VAF entre 5% e 43%. Em três pacientes com seguimento pós-tratamento, observou-se remodelamento clonal. O WES em fibroblastos não identificou variantes germinativas associadas à predisposição para SMD. Conclusões: A menor detecção de variantes pelo exoma não dependeu exclusivamente do VAF, mas também de outros fatores como baixa eficiência de captura e de características intrínsecas de determinadas regiões genômicas, como alto conteúdo GC e baixa mapeabilidade de algumas regiões, fatores que reduzem a sensibilidade do WES, reforçando o melhor desempenho do painel para detecção de variantes somáticas. A elevada concordância entre SP e MO reforça o potencial do SP como complementar para a avaliação molecular por painel ultraprofundo. A validação e o conhecimento das limitações das diferentes metodologias de sequenciamento em larga escala são fundamentais para garantir a caracterização molecular adequada, a estratificação de risco e a tomada de decisão clínica em pacientes com SMD.
SN  - 2531-1379
SN  - 2531-1387
ER  -